Unibertsitateko ikerketa institutuek zientziaren, teknikaren eta giza zientzien alorreko ikerketan eta arte sorkuntzan dihardute; gainera, ikasketa espezializatuetako eta graduondoko ikastaroetako irakaskuntza lanak egin daitezke institutuotan. Halaber, institutuek aholkularitza teknikoa ematen dute beren eskumeneko esparruan.

Azpian dauden institutuak UPV/EHU berarenak dira eta guztiz txertatuta daude UPV/EHUren egituran.

• Prozesuen Ikerkuntza eta Garapenerako Institutoa
• Kriminologiaren Euskal Institutua
• Enpresari Aplikatuko Ekonomiaren Institutua
• Ekonomia Publikoaren Institutua
• Gizarte-Ekonomia eta Zuzenbide Kooperatiboaren Institutua (GEZKI)
• Teknologia Mikroelektronikaren Institutua
• "Valentin de Foronda" Gizarte Historia Institutua
• Nazioarteko Ekonomia eta Garapenari Buruzko Ikasteka Institutua (HEGOA)
• Material Polimerikoen Unibertsitate-Institutua (POLYMAT)
• Institute for Logic, Cognition, Language and Information (ILCLI)
• Euskara Institutua
• Antzinaroko Zientzien Institutua

Unibertsitateko ikerketa institutuak beraien barne araudia eta UPV/EHUko Ikerketa Institutuen Oinarrizko Arautegiaren bidez arautzen dira.